Java是做应用的，底层当然不会是Java语言编写的了，呵呵。
所有的底层都是二进制代码，所有的操作系统都要在运行在带有固定程序的硬件上，所有的应用软件都要在操作系统上运行，甚至在这之上还要嵌套好几层，最终看到的界面那是有很多东西为我们服务的，呵呵。
这真是一个愚昧的问题，你应该这么问，现在世界上任何一个大型系统(当然包括网站)没有使用到Java，哪一个大型系统是用一种语言开发的。
2004年05月21日 09:48 "@hgwnet"的内容
今天特地看了国内的几个门户网站，发现几乎都是cgi或者php的，几乎没有看到基于java的大型案例 ...
这是2004年国内的情况，说明那时国内技术落后呗，时至今日2011年11月。这里转贴国外一篇讨论：为什么大公司都使用Java，而不用PHP/MySQL？
http://news.ycombinator.com/item?id=3238514