java程序的发布问题

java 的application程序（非applet)。发布时是不是给出所有相关.class？
那么是不是要自己做个.bat文件用于启动java程序。
另外，.class文件通常可被反编译.那么源代码的安全性不是很差吗?
有没有解决的方法。