EJB里面都有一个ejb object，当然了这在EJB2.X中才能看到，但是EJB3.O中虽然看不见，但是底层还是有相应的东东存在，EJB OBJECT负责处理事务以及资源注入还有异常处理等等，EJB异常分为应用程序异常和系统异常，系统异常是由于系统内部错误造成的，一般是RuntimeException以及子类，EJBException（它也是RuntimeException的子类）javax.rmi.RemoteException以及子类，所有的系统异常都会被容器自动捕获然后回滚事务（具体来说就是EJB OBEJCT来处理，当然了具体APP SERVER实现也许不同）而应用程序异常是我们自己定义的与业务有关系的异常，这种异常一般由我们应用开发者来捕获，然后报告相应的业务错误。
ps；RunntimeException和其它的的系统异常有一个不同，那就是它们可以转化为应用程序异常，具体就是通过@javax.ejb.ApplicationException，这样当容器捕获到标注了此注释的系统异常就不会回滚事务。
希望对你有点帮助。