菜鸟新人的困惑，banq大哥和道友帮忙拿个主意吧

小弟大四期间被jdon的文章吸引，上了java的贼船的，自学了三四个月找了个网站开发的工作。最近工作中遇到了些问题，很迷茫，在网上也找不到相关资料，请大家帮忙指点迷津。
我现在在开发一个小的行业网站,之前有过6,7个程序员相继进行一些模块开发。现在网站换新的linux服务器，apache，tomcat服务器整合到日常维护，到后续模块开发都只有我一个人来做。
现在网站的数据库有104个表，结构混乱，biz层没用过，action层超级大，一些jsp文件超过3000行，整个一混乱。
我已经处理了很多bug，做了秒杀，团购模块，照着其他网站的页面比葫芦画瓢。我只能延续网站之前的架构模式来做，单独建一个新表，使用s1sh，业务逻辑放action里。我觉得我现在的工作只是让这个网站更混乱。
这一个行业网站，包括b2b平台，新闻咨询，论坛博客，我觉得必须经过一个深层次的架构过程。但是目前开发人员只有我一个，经理还催着我完成一些新模块，留给我思考设计的时间不多。之前的代码混乱不堪，读起来很吃力，我真不想读（3400行的jsp文件，到处都掺杂着css，看的头疼）。
对于目前这状况，我该逃离那个公司还是努力将它重新架构一番？
另外，我最近学了ajax，会用ajax加struts异步刷新了，忽然对之前的方式产生了怀疑，是不是应该把大部分的表单提交都用ajax改造一下。
我自己是不想半途而废，还想把这个行业网站当成自己的小白鼠来玩。
请各位前辈帮忙出出主意。