菜鸟一只，如何提高系统架构能力

我是一学生，现在处于学习阶段，过段时间老板就要我负责一个项目的开发（跟某个公司开发一套软件，有什么订单管理阿，设计管理阿，人员组织管理阿等），比较大，开发周期较长（相对于我们实验室来讲，可能对向bang大哥就是小kiss拉），估计这读书几年就搞这东西，我自己是一个菜鸟管更菜的5，6只鸟（基本大家都不懂什么）。sigh，摸索阿。
我没什么头脑，目前存在大脑中的有一下咚咚:1:上课的东西：什么软件工程等概念东西，高程也考过了（这些基本没用，最大的骗局！）2:一些零散的代码（看书，自己写的好玩的java代码，有点用，但是跟这套系统的需求，设计不达边）3：网上看的杂乱的文章（软件工程，需求分析,设计模式等东西，光看感觉很空，觉得没多大用处）。我上网破解了一个大型代码（只有jsp和一些class文件，我把class反编译了。没有文档，5个人开发了一年多，jsp+ejb+javabean,mysql,tomcat,
jboss），我们实验室做的东西跟这个差不多（用的技术，构架类似）
现在问题来了：
我们初步决定用软件工程那套开发我们的系统（不知是否正确），步骤是:
1)先了解那个公司是什么结构，有哪些部门等信息
2）到那个公司搞需求，然后用数据流图把得到的东西画出来+数据字典等
3）概要设计
4）详细设计
5) 编码
6）测试
7）。。。
其实也是看书上说的（也不知大家伙是怎么开发项目的？是这样吗？如果不是该是怎样个流程？）。乘还没有正试开始项目实施，我想先把我破解的那套系统用软件工程的方式实施一下，相当于我把这套系统用上面的方式（或者其他的方式、流程）搞一套文档出来，一个当作学习，二个也为以后做准备。
大家看我这个方式如何？如果这样可以，该用什么样的工具，文档该用什么格式阿？（比如我的需求就是用的数据流图表示的，是这样吗？我是按书上的）。
真想手头有一套大型软件的所有流程的开发文档，那就好了。
不知道各位大哥有没有，如果有的话，可以
mail：chjhust@163.com。恳请bang大哥，还有诸多牛人支招。。
或者推荐个好网站