web程序在线更新方案

应用情景：开发了一个java web程序，这个程序被部署在多个客户的服务器上，但是这个程序在部署以后可能还存在bug或者功能上的调整，这样为了不需要一个客户一个客户的去更新他们的程序，想提供一个，更新服务器，将程序放在更新服务器上，然后客户通过它本地部署了的web程序直接下载更新程序，然后进行本地服务器程序的更新。
存在问题：
由于涉及操作系统安全性问题，如果程序在运行着，这样的更新，是不允许的，这样只有先将服务器停了然后才能更新，更新主要是实现程序文件的复制和删除。

考虑解决方案：
1、我们使用tomcat做服务器，我想通过两个tomcat来进行更新操作，一个是web程序的服务器，一个是更新服务器，我通过jsp或者servlet，来启动或者关闭tomcat，但是，当我通过web程序所在服务器来启动另一个tomcat的时候，发现启动的还是原来的tomcat，就算把另一个tomcat的JRE路径重设也没有用，这个方案，没法实现。

2、通过tomcat调用一个应用程序。这样我专门做了一个java application，并且将它打成
.exe文件，手动调用启动.exe文件实现文件复制、删除都没有问题，但是一旦通过servlet来进行调用，应用程序，可以调用，但是，却不能实现文件复制操作了。由于这样的调试很不方便，我想问一下，这可能是什么问题呢？

大家碰到这样的需求，是通过什么方式来解决的呢？