写作和阅读论文是科学家的关键技能。
赋予你的工作以意义的主张，必须有数据和赋予其可信度的逻辑支持。如果不仔细规划论文的逻辑，作者往往会在通向结论的道路上遗漏数据或错过逻辑步骤。虽然这些失误超出了我们的范围，但你的科学逻辑必须非常清晰，才能有力地提出你的主张。
在此，我们介绍十条简单的论文结构规则。前四条规则是适用于论文所有部分的原则，并进一步适用于其他形式的交流，如资助和海报。接下来的四条规则涉及到论文各主要部分的主要目标。最后两条规则对有效构建稿件的过程-启发式方法提供了指导。
原则（规则1-4）
写作就是交流。因此，读者的体验是最重要的，所有的写作都为这个目标服务。当你写作时，你应该不断地把你的读者放在心上。这四条规则可以帮助你避免失去你的读者。
规则1: 将你的论文集中在一个核心贡献上，你在标题中传达了这一点
一篇论文中最重要的元素是标题--想想你读过的标题数量与你读过的论文数量的比例。标题通常是读者遇到的第一个元素，所以它的质量[3]决定了读者是否会投入时间去阅读摘要。
标题不仅传递了论文的核心贡献，而且还可以作为一个不断提醒（对你而言），使文本集中于传递这一观点。科学毕竟是从复杂的数据中抽象出来的简单原理。标题是对论文贡献的最终提炼。尽早考虑标题，并定期返回去磨练它，不仅有助于论文的写作，也有助于设计实验或发展理论的过程。
这个 "一 "字规则是最难优化实施的规则，因为它面对的是科学的关键挑战，即让主张和/或模型在数据和逻辑支持下尽可能简单，但不能更简单。最后，你为寻找这种平衡所做的努力可能会适当地导致 "一个贡献 "的多面性。例如，一篇技术论文可能既描述了它的新技术，又描述了使用该技术的生物学结果；将这两个方面统一起来的桥梁是对新技术如何被用来做新的生物学研究的清晰描述。
规则2：为不了解你的工作的有血有肉的人而写
因为你是世界上在你所做的事情方面的顶尖专家，你也是世界上最没有资格从天真的读者的角度来判断你的写作的人。大多数的写作错误都源于这种困境。像设计师一样思考--对于每个元素，确定你想对人们产生的影响，然后努力实现这一目标[4]。试着像一个天真的读者一样思考论文，首先必须让他关心你要解决的问题（见规则6），然后会想用最小的努力去理解你的答案。
清楚地定义技术术语，因为当读者遇到一个他们不理解的词时，他们会感到沮丧。避免使用缩写和首字母缩略词，这样读者就不必回到前面的章节去识别它们。
人类心理学的庞大知识库在论文写作中很有用。例如，人们有工作记忆的限制，他们只能记住少量的项目，而且对列表的开头和结尾的记忆要好于中间的部分[5]。尽力减少读者在任何时候都要记住的松散线索的数量。
规则3：坚持上下文-内容-结论（C-C-C）方案
讲述故事的方式有很多。最主要的是，它们在为有耐心的读者和没有耐心的读者服务的程度上有所不同[6]。没有耐心的读者需要迅速被吸引；这可以通过先呈现最激动人心的内容来实现（例如，在新闻文章中看到的）。我们提倡的C-C-C方案是为更有耐心的读者服务的，他们愿意花时间来了解背景上下文。
C-C-C的一个相应的缺点是，它可能无法最好地吸引没有耐心的读者。科学文章的结构，特别是标题和摘要的首要地位，已经迫使内容迅速被揭示出来，这一缺点得到了缓解。因此，继续阅读导言的读者很可能会有足够的耐心来吸收内容。
此外，在科学领域，过度的 "内容至上 "的故事结构的一个危害是，你可能会让读者产生怀疑，因为他们可能会错过一个重要的背景，而这个背景会让你的主张更加可信。
由于这些原因，我们提倡将C-C-C作为 "默认 "的科学故事结构。
C-C-C方案在多个层面上定义了论文的结构。在整篇论文中，引言是背景，结果是内容，而讨论则是结论。在段落范围内应用C-C-C，第一句话定义了主题或背景，正文承载了供读者考虑的新颖内容，而最后一句话提供了需要记住的结论。
偏离C-C-C结构往往会导致论文难以阅读，但作者往往因为自己的自传背景而这样做。在我们作为科学家的日常生活中，我们大部分时间是在制作内容，少数时间是在其他活动的纷繁中。我们进行实验，对现有文献进行阐释，并利用人类认知的魔力将思想结合起来。我们自然希望在纸上记录这些努力，并按时间顺序组织论文。但是对于我们的读者来说，我们活动的大多数细节都是无关紧要的。他们并不关心你达成结果的时间路径；他们只关心最终的主张和支持它的逻辑（见规则7）。因此，我们所有的工作都必须重新格式化，以提供一个使我们的材料有意义的背景和一个帮助读者理解和记忆的结论。
规则4：通过避免 "之 "字形和使用并行性来优化你的逻辑流程
避免 "之 "字形：
只有论文的中心思想应该被多次触及。否则，每个主题应该只在一个地方涉及，以尽量减少主题变化的次数。相关的句子或段落应该串联起来，而不是被不相关的材料打断。相似的想法，比如我们应该相信某件事的两个理由，应该紧接着一个。
使用平行关系：
同样地，在连续的段落或句子之间，应该用平行的形式传达平行的信息。平行性使文本更容易阅读，因为读者对结构很熟悉。
例如，如果我们有三个独立的理由，为什么我们喜欢对一个结果的一种解释而不是另一种解释，那么用相同的语法来传达它们是很有帮助的，这样这个语法对读者来说就变得透明了，这就使他们能够专注于内容。
在一个句子或段落中多次使用同一个词是没有错的。要抵制用不同的词来指代同一概念的诱惑--这样做会让读者怀疑第二个词是否有稍微不同的含义。
论文的组成部分（规则5-8）
一篇论文的各个部分--摘要、引言、结果和讨论--有不同的目标，因此它们各自应用C-C-C结构的方式略有不同，以实现其目标。我们将在本节中讨论这些专门的结构，并在图1中对其进行总结。
规则5：在摘要中讲述一个完整的故事
对大多数读者来说，摘要是论文中唯一会被阅读的部分。这意味着，摘要必须有效地传达论文的全部信息。为了达到这个目的，摘要的结构是高度保守的。下面将详细介绍C-C-C的每一个要素。
上下文必须向读者传达该论文将填补什么空白。第一句话通过介绍特定研究所处的更广泛的领域来引导读者。然后，这个背景被缩小，直到它落在该研究回答的开放性问题上。一个成功的背景部分为区别该论文与当前技术水平的贡献奠定了基础，它传达了文献中缺少的东西（即具体的差距），以及为什么这很重要（即具体差距与论文开头的更广泛背景之间的联系）。
内容（"我们在这里"）首先描述你用来填补空白或问题的新颖方法或途径。然后是内容--你对结果的执行摘要。
最后，结论对结果进行解释，以回答在背景部分末尾提出的问题。结论部分通常有第二部分，强调这个结论如何推动更广泛的领域发展（即 "更广泛的意义"）。这对于拥有广泛读者群的 "一般 "期刊来说尤其如此。
这种结构可以帮助你避免摘要中最常见的错误，即在读者还没有准备好理解结果之前就谈及结果。好的摘要通常要经过多次反复推敲，以确保结果能像钥匙配锁一样填补空白。广义-狭义-广义的结构使你能够与更多的读者沟通（通过广义），同时保持你的主张的可信度（这总是基于有限的或狭义的结果）。
规则6：在引言中传达论文的重要性的原因
引言强调了当前知识或方法中存在的差距，以及为什么它是重要的。这通常是通过一组渐进式的更具体的段落来完成的，最终明确阐述文献中所缺乏的东西，然后用一段话来总结论文是如何填补这一空白的。
举例来说，第一段可以解释为什么理解细胞分化是一个重要的话题，而这个领域还没有解决触发分化的原因（领域差距）。第二段可以解释对某一特定细胞类型，如星形胶质细胞的分化有哪些未知之处（一个子领域的空白）。第三段可以提供线索，说明某个基因可能驱动星形胶质细胞的分化，然后说明这一假设尚未得到验证（你将填补的子领域内的空白）。空白声明为读者设定了对论文内容的期望。
每个引言段的结构（除最后一段外）都是为填补空白的目标服务的。每个段落首先将读者引入主题（一两句上下文），然后解释相关文献中的 "已知"（内容），最后才是关键的 "未知"（结论），使论文在相关范围内具有重要性。沿着这条路，往往会给出关于差距背后的谜团的线索；这些线索引出论文中未经检验的假设或未开发的方法，并给读者带来谜团可以解决的希望。引言不应包含超出论文动机的广泛文献回顾。这种以差距为重点的结构使有经验的读者很容易评估一篇论文的潜在重要性--他们只需要评估所声称的差距的重要性。
引言的最后一段很特别：它紧凑地总结了结果，这些结果填补了你刚刚建立的空白。它与摘要的不同之处在于：它不需要介绍背景（刚才已经说过了），它对结果的介绍更具体一些，而且如果有的话，它只简要地预告论文的结论。
规则7：将结果作为一连串的陈述，由数字支持，并在逻辑上连接起来以支持核心贡献
结果部分需要让读者相信，中心主张得到了数据和逻辑的支持。每一个科学论证都有其特定的逻辑结构，这就决定了其要素的呈现顺序。
例如，一篇论文可以提出一个假设，验证一种测量方法在所研究的系统中是否有效，然后用测量结果来反驳假设。或者，一篇论文可以建立多个可供选择的（相互排斥的）假设，然后推翻所有的假设，只留下一个，为其余的解释提供证据。论证的结构将包含整体逻辑所需的控制和方法。
在论文准备的提纲阶段（见第9条），勾勒出你的结果如何支持你的主张的逻辑结构，并将其转化为一连串的陈述句，成为结果部分中各小节的标题（和/或图的标题）。大多数期刊允许这种格式，但如果你选择的期刊不允许，这些标题在写作阶段仍然有用，可以改编为段落的介绍性句子，或在提交前删除。这样一个清晰的逻辑步骤使论文容易被理解。
图、其标题和图例尤其重要，因为它们显示了最终形成论文主张的步骤的最客观的支持（数据）。此外，看图的读者往往是为了节省时间而直接从摘要中跳过。因此，图的标题应传达分析的结论，图例应解释是如何做到的。制图本身就是一门艺术；Edward Tufte的书仍然是学习这门技艺的黄金标准[7,8]。
第一个结果段落很特别，因为它通常总结了引言中概述的解决问题的总体方法，以及所开发的任何关键的创新方法。大多数读者不看方法，所以这一段让他们了解所使用的方法的要点。
结果部分的每一段都以一两句话开始，为该段所回答的问题做铺垫，如以下内容。"为了验证没有假象......"，"我们的测量方法的测试-复验可靠性如何？"或 "我们接下来测试是否涉及通过L型Ca2+通道的Ca2+通量"。段落的中间部分介绍与问题有关的数据和逻辑，段落以回答问题的句子结束。例如，它可以得出结论：没有检测到任何一个潜在的伪影。这种结构使有经验的读者很容易对一篇论文进行事实核查。每个段落都让读者相信其最后一句话中的答案。这使得我们很容易找到得出可疑结论的段落，并检查该段落的逻辑。每个段落的结果都是一个逻辑声明，而文中更远的段落则依赖于前面段落的逻辑结论，就像数学文献中的定理建立一样。
规则8：讨论如何填补空白，解释的局限性，以及与该领域的相关性
讨论部分解释结果如何填补了引言中确定的空白，为解释提供注意事项，并描述论文如何通过提供新的机会来推进该领域的发展。这通常是通过复述结果，讨论局限性，然后揭示中心贡献如何促进未来的进展来完成的。第一个讨论段很特别，因为它通常总结了结果部分的重要发现。有些读者会跳过结果的重要部分，所以这一段至少可以让他们了解该部分的要点。
讨论部分的以下各段，首先描述论文的一个弱点或优点。然后，通过将其与相关文献联系起来，对该优势或劣势进行评价。讨论段通常以描述一种巧妙的、非正式的认识贡献的方式来结束，或者讨论可以扩展贡献的未来方向。
例如，第一段可以对结果进行总结，重点是其意义。第二至第四段可以讨论潜在的弱点，以及文献如何减轻担忧或未来的实验如何处理这些弱点。第五段可以在描述该论文如何推动该领域的发展中达到高潮。这样，读者就会一步步学会把论文的结论放到正确的背景上下文中去。
过程（规则9和10）
为了写出一篇好的论文，作者可以使用有用的过程和习惯。一篇论文的某些方面比其他方面更影响其影响力，这表明你的时间投资应该在最重要的问题上加权。此外，反复利用同事的反馈意见，可以让作者在各个层面上改进故事，以产生一个强大的手稿。选择正确的过程使写论文更容易、更有效。
规则9：把时间分配到重要的地方。标题、摘要、数字和提纲
支撑一个科学主张的中心逻辑是最重要的。它也是连接研究工作的实验阶段和论文写作阶段的桥梁。因此，将正在进行的实验工作（例如，在实验室会议期间）的逻辑正式化为某种不断发展的文件是非常有用的，它将最终引导论文的大纲。
你还应该根据每个部分的重要性来分配你的时间。标题、摘要和数字的浏览量远远大于论文的其他部分，而方法部分的阅读量则最少。要有相应的预算。
我们在每一节上花费的时间可以通过在制作前计划文本来有效利用。做一个提纲。我们喜欢为每个计划的段落写一个非正式的句子。围绕每个结果的描述开始这个过程通常是有用的--这些可能成为结果部分的标题。因为故事有一个整体的弧线，所以每个段落都应该有一个明确的角色来推动这个故事的发展。这种作用最好在大纲阶段进行仔细检查，以减少浪费在不适合整个故事的段落上的文字修改时间。
规则10：获得反馈以减少、重复使用和回收故事
写作可以被视为一个优化问题，在这个问题上，你要同时改进故事、大纲和所有的组成句子。在这种情况下，重要的是不要对自己的写作过于执着。在许多情况下，扔掉整个段落并重写是比增量编辑更快产生好文本的方法。
成功地写一篇论文通常需要多人的投入。测试读者是必要的，以确保整个故事的运作。他们还可以对故事中出现的过快或过慢的地方提供宝贵的意见。他们可以说明什么时候最好回到绘图板，重新讲述整个故事。
评论员也非常有用。不具体的反馈和不热心的评论往往意味着评论者没有 "理解 "故事的全貌。
非常具体的反馈通常会指出一段话中逻辑不充分的地方。以积极的方式接受这种反馈是至关重要的。
因为来自他人的意见是必不可少的，所以一个由有益的同事组成的网络是使故事令人难忘的根本。为了保持这个网络的运作，一定要通过阅读同事的稿件来回报他们。