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具体找本书看看。^_^
如果你的系统架构于一个良好的设计，至少有100个类以上，这些类之间有各种复杂关系（不是指无头绪那种），那么就是别人反编译了你的系统，他也无法真正掌握。
看看那些著名的源代码，从Jive 到PetStore 到Tomcat或Jboss源码，有几个在不寻求外援和资料的情况下能看懂这些源码？
当然，对于J2ME，目前确实没有办法。
关于反编译工具，我使用的是那个小颖反编译工具，和UE整合得很好，主要用来检查编译部署时的一些问题。
如果真正有人想反编译，也是可以做的。
混淆的效果可以描述一下么，如果可以将方法、变量什么的都弄成a,b,c以及
1和l的效果，偶想也差不多了吧
个人觉得jode是最好的
有很多文章都有介绍对类文件进行加密保护源码的方法。
只要重写一个ClassLoader就可以了，
在load类的时对类文件进行解密，就可以了。
这样做的问题是会对效率有点影响。
对于一个简单的系统，obfuscate or not，并没有什么关系，谁都能做。而且网上可以找到太多的open source的东西。你写出来的东西别人还不见得看得上。
对于一个复杂的系统，良好的设计才是最为重要的。
系统的框架之间尽量做到decoupling，被obfuscate的code效果更好，被decompile出来的东西，基本上没有什么太多参考价值。
所以，只怕良好的结构并不能有助于保密。
我想首先应该是求助于法律手段保护。其次听说是可以用classloader来加密的。但是没有研究过，不知道是否有这方面的工具。