什么是生物学中克里克中心法则?


人们以为中心法则就是DNA → RNA → 蛋白质,这种以DNA为中心向外扩散的误解进一步导致基因决定论,认为身体机能一切都是父母遗传的基因,与自己的生活方式和环境无关,那么为何双胞胎孩子的身体健康不一样呢?

因此,基因决定论误导了很多人,基因决定论类似上帝决定论,都是由一个主语决定的,这个主语是上帝、基因、上天、无所不在的神或任何公认的元素,人们无时不刻不被宗教信仰笼罩着,只是你有无元认知意识到了吗?

中心法则(Central Dogma)是分子生物学的一个核心概念,最初由弗朗西斯·克里克于1958年提出,并在1970年进一步阐述。该法则描述了遗传信息在DNA、RNA和蛋白质之间的单向传递过程,通常表述为:

  1. DNA复制:DNA可以自我复制,以便将遗传信息传递给子细胞。
  2. 转录:DNA中的信息被转录成信使RNA(mRNA)。
  3. 翻译:mRNA被翻译成蛋白质。

遗传信息的流动

  • 标准流程:中心法则的基本流程是遗传信息从DNA到RNA,再从RNA到蛋白质,这一过程在所有有细胞结构的生物中普遍存在。
  • 特殊情况:在某些病毒中,RNA可以作为模板合成DNA(反向转录),这被认为是对中心法则的补充。

关键点:

  • 一旦信息进入蛋白质,就不能再流出


中心法则是理解细胞如何运作的关键,但它却是分子生物学中最容易被误解的概念之一。

许多学生被教导说,中心法则就是“DNA → RNA → 蛋白质”。

克里克知道至少有四种信息传递方式,当时的研究人员在生化研究中都观察到了这些传递方式。它们是:

  1. DNA → DNA(DNA 复制)、
  2. DNA → RNA(称为转录)、
  3. RNA → 蛋白质(称为翻译)和
  4. RNA → RNA(某些病毒自我复制的机制)。

克里克的图表还包括两种没有实验证据的信息流,但他推测这两种信息流在生物化学上可能是可行的;即DNA→蛋白质和RNA→DNA。

克里克认为,仅使用 DNA 直接合成蛋白质是可能的,因为 DNA 中的碱基序列最终决定了蛋白质链中氨基酸的顺序。然而,如果这是真的,那就意味着 RNA 并不总是参与蛋白质合成,尽管当时的每一项研究都表明它确实参与其中。因此,克里克得出结论,这种信息流极不可能,但并非不可能。

克里克还推测,RNA→DNA 在化学上是可能的,只是因为它是转录的逆转录,而且这两种分子在化学上彼此相似。然而,克里克无法想象这种所谓的“逆转录”会有什么生物学功能,所以他在图表中将这种信息流描绘成虚线。

在克里克的中心法则图式中,细胞内的信息只从核酸流向蛋白质,而不是反过来。

克里克的“中心法则”可以用一句话来描述:

  • "一旦信息进入蛋白质,就不能再流出"。
这个否定陈述是克里克思想的核心部分。

不是教条
中心法则实际上并不是一个教条——它被定义为“权威制定的、不容挑战的信念”。这与科学方法本身是相悖的,科学方法以实验结果而不是权威的宣言作为知识的基础。

学生们常常对中心法则(或者至少是沃森的版本)感到困惑,因为实验证据一再表明,细胞中的信息不仅仅是从 DNA → RNA → 蛋白质流动的。

逆转录酶
例如,1970 年,几个不同的研究小组同时发现了逆转录酶,这是一种从 RNA 模板生成 DNA 的病毒酶。其中一位研究人员霍华德·特明 (Howard Temin) 于 1962 年首次提出这种酶的存在,以解释感染鸡的 RNA 病毒(称为Rous 肉瘤病毒)的行为。特明表明,抑制 DNA 合成会阻止这种 RNA 病毒的繁殖,这表明它以某种方式将其 RNA 转化为 DNA。

逆转录酶发现后,科学杂志《自然》发表了一篇题为《中心法则被颠覆》的评论文章,声称它对中心法则造成了重大打击。

克里克对社论的标题感到不满,于是发表了一篇反驳文章,坚称他从未声称信息流仅仅是从 DNA → RNA → 蛋白质,或者 RNA → DNA 的转移不会发生。

中心法则是“一个否定的说法,说从蛋白质的转移并不存在。”

朊病毒
但到了 1970 年,克里克开始怀疑朊病毒疾病(例如绵羊痒病、疯牛病或克雅氏病)是否可能是中心法则的真正例外。

加州大学旧金山分校的神经学家和生物化学家斯坦利·普鲁西纳于 1982 年首次创造了“朊病毒”一词。当时,普鲁西纳怀疑朊病毒疾病是由病理性蛋白质引起的,这些蛋白质会触发细胞产生新的朊病毒蛋白质,这一过程与克里克的假说直接矛盾。但普鲁西纳没有确凿的证据来支持这一想法。

经过随后几十年的大量研究,最终在 21 世纪初人们发现,绵羊痒病或人类克雅氏病等朊病毒疾病,或植物和真菌中的类似疾病,都与错误折叠的病理性蛋白质有关。

具体而言,朊病毒蛋白不会改变氨基酸序列,而是将其病理形状传递给原本“健康”的蛋白质,导致它们以相同的方式错误折叠。朊病毒疾病不会改变中心法则的有效性,因为它们不会改变任何基因序列。

表观遗传学
在其他情况下,研究人员指出表观遗传学可能是克里克中心法则的一个例外,他们认为基因表达的变化会代代相传,因此可以提供额外的非核信息来源。但表观遗传学仍然没有违反克里克中心法则。

在生物体的生命过程中,环境条件会导致某些基因打开或关闭。这通常通过称为甲基化的过程发生,在此过程中,细胞将甲基添加到 DNA 序列中的胞嘧啶碱基上。结果,细胞不再转录该基因

这些影响最常发生在体细胞中——构成生物体身体的细胞。如果表观遗传标记出现在性细胞中,它们会在卵子和精子形成之前被清除。然后,一旦精子和卵子完全形成,甲基化模式就会在每种类型的细胞中重新建立,这意味着获得的遗传调控在后代中被重置为基线。

有时,这些调节作用会通过小 RNA 分子的活动传递给下一代,这些小 RNA 分子可以与信使 RNA 或蛋白质相互作用以控制基因表达。这种情况在植物中经常发生,但在动物中却很少见,因为动物的体细胞和生殖细胞有不同的谱系。一个被广泛研究的例外是线虫C. elegans ,其中 RNA 和其他分子可以改变遗传模式。

然而,无论多么引人注目,这些例子都没有违反克里克的中心法则;遗传信息保持完整,表观遗传标签总是暂时的,最多几代之后就会消失。

表观遗传标签确实会改变基因转录的位置和时间,以及转录时间。这表明基因组并不是遗传信息的唯一来源,克里克实际上也同意这一观点。

换句话说,酶可以在细胞中合成蛋白质后对其进行修饰,因此蛋白质中的氨基酸并非在基因组中都是特定的。DNA 并不包含细胞中的所有信息,但克里克最初的假设仍然是正确的:“一旦信息进入蛋白质,就无法再释放出来。”

基因编辑
基因编辑的最新进展现在提供了一种验证这一理论的方法:

假设有一种酶有两种不同的形式,A 和 B,每种形式作用于不同的底物。现在,假设这两种酶只相差一个氨基酸。可以改造一种微生物,使编码酶 A 的 DNA 可以根据环境中的底物改变为编码酶 B。

碱基编辑是一种基因编辑工具,于 2016 年首次报道,可用于交换基因组中的单个碱基对。人们可能使用碱基编辑来改变酶 A 基因中的单个碱基对,从而将其转变为编码酶 B 的基因。如果碱基编辑工具被设计成仅在环境中存在特定底物时才活跃,那么细胞就会根据“经验”有条件地改变其基因组。换句话说,对于这样的系统,信息将从外部世界流入核酸,从而违反中心法则。

这个小小的思想实验告诉我们两件事。首先,它强化了这样的结论:中心法则只是对生命所使用的现有信息传递的描述。它没有什么神奇之处。

生物进化的选择
这引发了一个问题:为什么生物没有进化到能够改变 DNA 来在两种蛋白质形式之间进行交换。

我认为答案相对简单:

  • 改变 DNA 是应对环境变化的一种相对缓慢且“永久”的方式。
  • 如果环境再次突然改变,细胞可能在改变 DNA 以做出反应之前就死了。

因此,一个更安全的解决方案是让细胞的 DNA 中同时编码酶 A 和酶 B,每种酶的表达都由检测环境中底物的系统控制。

这几乎就是许多微生物中发生的情况;基因调控对环境刺激作出反应。生物体不会改变 DNA,而是保留只在特定情况下表达的基因副本。

这突出了两点:DNA 的代谢成本很低,即使它什么都不做(这解释了为什么我们的 DNA 充满了无意义的重复序列);

套用法国分子生物学家弗朗索瓦·雅各布的话来说,进化不是设计,而是修修补补。

最好有一个条件表达系统:其中包含很少需要的基因,而不是为了应对不断变化的环境条件而不断重写 DNA。

从这个角度来看,违反中心法则不仅在生物化学上很复杂,而且毫无意义。大自然找到了一种解决方法,使生物体能够在不改变 DNA 的情况下对不断变化的环境做出反应